Lo destacado fue en la fecha 3 cuando el Puebla rompió una racha negativa de 15 juegos sin ganar al imponerse al Tampico Madero 2-0, además nuevamente fue protagonista del torneo, calificó como segundo lugar general y primer lugar del grupo 2 con 33 puntos. 115 puntos en 110 juegos para 1.0454 envió al Puebla F.C. El torneo terminó con el último lugar general con estos amargos números: 6 triunfos, 10 empates, 18 derrotas, 29 goles a favor por 54 en contra y 28 puntos. Los números fueron estos: 4 triunfos, 4 empates, 9 derrotas, 19 goles a favor por 29 en contra para 16 puntos.
Este torneo marcó el peor de la historia al obtener soló 9 Puntos producto de 2 triunfos, 3 empates, 12 derrotas, 13 goles a favor por 41 en contra, El «máximo anotador» fue Aleksandar Janjic con ¡ Esta vez Puebla tuvo un torneo bueno además mejoró su actuación anterior al sumar 36 puntos y nuevamente ser líder del grupo 2 y Álvaro González La Bola, como su figura resultó otra vez goleador del torneo. Tras los siete partidos, el R. C. D. Español concluyó su participación clasificándose en quinto lugar de su grupo, empatado a 7 puntos con el Estrella Roja de Belgrado tras acumular tres victorias, tres derrotas y un empate.
En la temporada consiguió 33 unidades y clasificó de 3º enfrentando en cuartos a Chivas Coras serie que asumió René Paul Moreno como entrenador por la inesperada renuncia de Jorge Aravena, el duelo fue difícil y se avanzó por mejor posición al igualar 3-3 global con un gol en los últimos minutos por parte de Iñigo Rey; En semifinal ante Sonora al que eliminó otra vez vía empate global 2-2; En la final enfrentó a Cruz Azul Oaxaca líder de ese torneo. En el torneo Verano 1999 en este torneo la historia no fue diferente y aunque llegó Alfredo Tena con refuerzos como Martín Félix Ubaldi, François Oman-Biyik, Rubén Ruiz Díaz La Bomba, y el regreso de Miguel Pardeza Ratoncito, no mejoró así que fue cesado y se contrató a José Fabian Cela que menos aportó y con el empate en Monterrey en la última jornada Puebla marcó su descenso.
En el torneo Invierno 1999 fue decepcionante el «Regreso» pues en el primer partido de regreso a Primera División se jugó ante Celaya ganando Puebla 1-0 con estadio lleno a las 5:00 de la tarde en un doble partido, ya que debutó Angeles de Puebla ante Cañeros de Zacatepec. En el torneo Invierno 1996 la era de torneos cortos en México llegó con un Puebla Anaranjado, impulsado por los Abed que demostraban su poco interés en la historia del equipo. Tras cuatro cambios de entrenador y desembolsar más de cincuenta millones de euros en fichajes, de los que prácticamente 40 fueron invertidos en el mercado de invierno fichando a jugadores como Raúl de Tomás, Adrián Embarba y Leandro Cabrera, sin embargo, no pudieron revertir la situación y el equipo finalizó por primera vez en el último puesto de la clasificación.
1) Memo Matiez, (2) Sergio Prado, (3) J. Velázquez, (4) Roberto Medina, (5) Aurelio Ferreira, (6) Gilberto Jiménez, (7) Armando Muñoz, (8)Alberto García Aspe, (10) Jafet Soto, (11) Raúl Ibáñez, (12) Alan Cruz, (14) Sigifredo Mercado El Chivo, (17) Gabriel Parra, (18) Fco. Suplentes: Sigifredo Mercado, Gilberto Jiménez, Gerardo Marcareño, Milton Antonio Nunez «Zico». Otros de los jugadores de este torneo fueron: Alejandro «El Gallo García», Arturo Álvarez, Cecilo de los Santos, Gilberto Jiménez, Pony Ruiz, Sergio Lira, Ambrosio Cocoletzi. Puebla conformó una nueva directiva con Emilio Maurer como asesor y se nombró a Jorge Aravena como entrenador mismo que arrancó ganando al otro poblano Lobos de la BUAP 4-1, el primer gol fue por David Rincón al ’37; también anotaron Eudalio Arriaga, que permaneció con el equipo un año más, equipaciones thai y dos de Mario García.
Obtuvo 20 unidades de los cuales fueron 5 victorias 5 empates y 7 derrotas, por ello fue cesado a media temporada José Marí Bakero que insistía en alinear al portero Memo Matiez, posteriormente llegó Mario Carrillo que renunció al cargo tras el término del torneo. Mario Padilla y Lucas Silva. Puebla. – Gerardo González 11.- Juan Carlos Chávez 4.- Roberto Ruiz Esparza 1.- Pablo Larios Iwasaki 3.- Aurelio Rivera 9.- Carlos Poblete 7.- Paulo Cesar Silva 49.- Raúl Arias 16.- Ángel Torres 8.- Francisco Ramírez 18.- Salvador Reyes. El domingo 26 de mayo se realizó el juego de Vuelta en Puebla, ante un espectacular lleno en el Estadio Cuauhtémoc se cumplió la Hazaña al derrotar 3-2 a Dorados con dos goles de Álvaro González al ‘8 y ’45, Hugo Ruiz al ’26.
En la liguilla enfrentó en cuartos a Pumas Morelos con marcador de 4-3 global avanzó a semifinal y el rival fue el León quién eliminó a Puebla al ganar en la ida 2-0 y empatar 3-3 en la vuelta en un juego lleno de emociones donde a pesar del resultado la gente salió satisfecha por la entrega de su equipo, así La Franja espero al finalista de entre Dorados o León siendo Dorados que venció 5-4. La final de Ascenso fue un 1-1 en la ida goles de Álvaro González y Carlos Casartelli.
El 12 de mayo se jugó el partido de ida en el Gigante de Arrollito, el partido terminó 1-0 en contra, el gol fue de Walter Montoya, que aprovechó que Armani estaba adelantado y remató de media distancia, a pesar del gol, Armani tuvo una actuación crucial, al despejar 3 remates de gol consecutivos, goles que hubiesen podido marcar el destino del club en el torneo, comprar camisetas futbol baratas este fue el primer y único partido perdido de Nacional en la copa. Ya en la liguilla enfrentó en cuartos a Coatzacoalcos venciéndolo 5-3global, en semifinal ante Cruz Azul Hidalgo empató el global 2-2 avanzó por mejor ubicación y en la final contra Salamanca líder general del torneo con quién empató el global a 3 (1-1 ida) y (2-2 vuelta) todo se definió en tanda de penaltis, siendo héroe Jorge Zamogliny al acertar el ultimó y Adrián Domínguez de Salamanca volar su disparo.